El municipio se localiza en la región norte del estado. Queda comprendido entre los paralelos 20º 57″ y 21º 04″ de latitud norte y los meridianos 89º 09″ y 89º 14″ de longitud oeste. Está a una altura promedio de 10 metros sobre el nivel del mar. La cabecera del municipio es Bokobá cuya distancia geográfica a la ciudad de Mérida es de 44 kilómetros.
Limita con los siguientes municipios: al norte con Motul y Suma, al sur con Hoctún, al este con Tekantó y al oeste con Cacalchén.
Extensión
El municipio de Bokobá ocupa una superficie de 72 Km2 .
Orografía
Este municipio es totalmente plano calificado como llanura de barrera, con piso rocoso o cementado altamente escarpado.
Hidrografía
En toda la extensión territorial no existen corrientes superficiales de agua. Sin embargo, hay corrientes subterráneas que forman depósitos comunmente conocidos como Cenotes. En algunos casos los techos de estos se desploman y forman las Aguadas. Actualmente existe un registro de 5 cenotes en el municipio:
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Clima
La región donde se localiza el municipio está clasificada como cálida subhúmeda con lluvias en verano (mayo – julio), durante éstas se presentan las llamadas sequías de medio verano. Tiene una temperatura medial anual de 26.3º C y una precipitación pluvial de 1,200 milímetros. Los vientos dominantes provienen en dirección noreste y suroeste. Humedad relativa promedio anual marzo 66%- diciembre 89%.
Flora
La mayor parte del territorio está dedicado a la agricultura de temporal; existen porciones clasificadas como selva baja caducifolia con vegetación secundaria, cuyas principales especies son el ramón, el chico zapote y el chaca.
Fauna
Respecto a la fauna, existen diversas clase de reptiles y de aves.
Características y Uso de Suelo
Suelo tipo rocoso o cementado altamente escarpado.
Fuente: http://www.inafed.gob.mx/work/enciclopedia/EMM31yucatan/municipios/31005a.html